В честь землепроходца военный пост был назван Хабаровкой. 30.05.1858 его заложили на слиянии рек Амура и Уссури солдаты 13-го линейного Сибирского батальона под командованием капитана Я. В. Дьяченко. Начали развиваться пушные и рыбные промыслы, вёлся обмен с аборигенами. Спустя 6 лет военный топограф Михаил Любенский разработал план застройки нового поселения. Затем появилась телефонная связь с Владивостоком, был построен речной порт.
В 1893 году Хабаровке присваивают статус города, год спустя сюда переносят из Николаевска-на-Амуре столицу недавно образованного Приамурского генерал-губернаторства. В описании герба читаем: "В серебряном щите, лазоревый столб, между двух черных сопок, с червлеными пламенами. Щит увенчан древнею царскою короною и окружён золотыми дубовыми листьями, соединёнными Александровскою лентою".
Город переименовывают в Хабаровск, который становится крупнейшим торговым центром на Амуре. Строятся доки, склады, лавки и магазины, частные дома, которые частично сохранились до наших дней.
11.02.1894 в Хабаровске состоялось организационное собрание Приамурского отдела РГО. Начинает выходить газета "Приамурские ведомости", открывается театр.
В связи со строительством железной дороги начинает прием учеников техническое железнодорожное училище. В 1897 году открыто сообщение между Владивостоком и Хабаровском.
Население города растёт, открывается Хабаровское реальное училище. Строится новый Иннокентьевский храм.
В городе развивается промышленность. Мелкие мастерские перерастают в крупные промышленные предприятия. В 1902 году, в частности, вступили в строй окружные артиллерийские мастерские "Арсенал". К концу 19-го века в Хабаровске существовали маслобойный, 4 пивоваренных, 12 кирпичных, 4 лесопильных и цементный заводы.
После переезда в Хабаровск областного центра во главе с генерал-губернатором в городе также обосновывается командующий Приамурским военным округом. Позднее создаётся база Амурской военной флотилии.
Также полным ходом идёт строительство Транссибирской магистрали, которая должна соединить Дальний Восток и Восточную Сибирь с Европейской частью России. Уже были построены Уссурийская (Хабаровск - Владивосток) и Забайкальская дороги, началось сооружение Амурской магистрали.
Заключительным звеном на Транссибе стал железнодорожный мост через Амур в Хабаровске. Это грандиозное по тем временам сооружение спроектировал профессор Лавр Дмитриевич Проскуряков. Его проект, как и башня Эйфеля, получил золотую медаль Всемирной выставки в Париже в 1908 году. В 1916 году завершилось строительство трехкилометрового моста-гиганта, который стал завершающим звеном Транссиба.